隨著醫院的不斷發展，污水排放量也隨之增加。污水的處理也成為一個重要的工作。下面來介紹一下污水的處理過程。
醫院污水除生活污水中的糞便、衛生棉紙等外,還夾雜濃血、組織廢棄物、藥物及洗滌劑等。其中有機物占污染總量40%左右,　同時還含有大量的病毒、細菌、寄生蟲卵及其他有害物質。特別是傳染病醫院、腫瘤醫院及綜合醫院產生的污水,　其污染物濃度高、危害大,　若不經處理就排入市政下水道或河道,　會嚴重污染環境和危害人類健康。

小型醫療污水處理設備此裝置一般埋設于地表之下，運用二次生物接觸氧化處理工藝，它處理的效果超越全混合生物氧化池，對水質的適應性強度高，保證了水處理的穩定性。該小型醫療污水處理設備在池中采用了新型強效彈性立體填料，對污水中的有機物質有強效的去除功能。該設備通過氧化處理之后，產生的污泥量較少，僅需90天排放一次即可。為了避免放生病菌滋生、傳播的現象發生，必須對水質進行深度消毒處理。目前應用zui多的消毒工藝有：紫外線消毒、二氧化氯消毒、臭氧消毒。醫院需根據污水水質特點及排放量進行選擇。根據污水的特點我們采用成熟可靠的A/O生物接觸氧化法為處理工藝，同時輔以格柵攔截、沉淀池澄清、消毒劑消毒等物化處理手段。
醫院廢水由排污管道匯總經過一道格柵，去除水中較大的懸浮、漂浮物和帶狀物，上澄液重力流入自流進入調節池，調節池調節污水的水量和水質。調節池出水提升進入*生化池（缺氧池）和O級生化池（生物接觸氧化池）進行生化處理。本工程污水中有機成份BOD5/CODcr＜0.5，可生化性很好，因此采用生物處理方法大幅度降低污水中有機物含量是較經濟的。
小型醫療污水處理設備由于污水中氨氮及有機物含量較高，特別是有機氮，在生物降解有機物時，有機氮會以氨氮形式表現出來，氨氮也是一個重要的污染控制指標，因此污水處理采用缺氧好氧A/O生物接觸氧化工藝，即生化池需分為*池和O級池兩部分。在*池內，由于污水中有機物濃度較高，微生物處于缺氧狀態，此時微生物為兼性微生物，它們將污水中有機氮轉化為氨氮，同時利用有機碳源作為電子供體，將NO2--N、NO3--N轉化為N2，而且還利用部分有機碳源和氨氮合成新的細胞物質。所以*池不僅具有一定的有機物去除功能，減輕后續O級生化池的有機負荷，以利于硝化作用進行，而且依靠污水中的高濃度有機物，完成反硝化作用，較終消除氮的富營養化污染。
經過*池的生化作用，污水中仍有一定量的有機物和較高的氮氨存在，為使有機物進一步氧化分解，同時在碳化作用趨于*的情況下，硝化作用能順利進行，特設置O級生化池，O級生化池的處理依靠自養型細菌（硝化菌）完成，它們利用有機物分解產生的無機碳源或空氣中的二氧化碳作為營養源，將污水中的氨氮轉化為NO2--N、NO3--N。在*和O級生化池中均安裝有填料，整個生化處理過程依賴于附著在填料上的多種微生物來完成的。在*池內溶解氧控制在0.5mg/l左右；在O級生化池內溶解氧控制在3mg/l以上。O級池出水一部分回流至調節池進行內循環，以達到反硝化的目的，另一部分進入沉淀池進行沉淀，進行固液分離。分離后的出水進入出水消毒池，消毒池內的廢水經二氧化氯消毒處理后出水達標排放。